Đến tháng 9 năm 1994 thực hiện Nghị định số 59- NĐ/CP ngày 04/7/1994 của Chính phủ: tách 9 xã của huyện Yên Khánh cũ về lập lại huyện Yên Khánh đồng thời đổi tên huyện Tam Điệp thành huyện Yên Mô. Huyện Yên Mô chính thức đi vào hoạt động từ ngày 02/9/1994. Hiện nay có 18 đơn vị hành chính gồm 17 xã và 01 thị trấn với tổng diện tích tự nhiên hơn 144.km2 và dân số hơn 119.000 người.
Từ xa xưa, Yên Mô đã nổi tiếng là đất hiếu học, chuộng văn chương, trọng đạo lý gắn liền với tên tuổi của những danh nhân văn hoá, đất nước, tiêu biểu như: Ninh Tốn quê xã Yên Mỹ- quan Thượng thư triều Lê; Vũ Phạm Khải, Phạm Thận Duật quê xã Yên Mạc là các quan đại thần triều Nguyễn. Nhiều con em Yên Mô đã trưởng thành là cán bộ lãnh đạo các Bộ, ban ngành của Trung ương và tướng lĩnh trong lực lượng vũ trang nhân dân, nhiều người có học vị tiến sỹ, thạc sỹ, được phong tặng danh hiệu nghệ sỹ ưu tú, nhà giáo ưu tú, thầy thuốc ưu tú..
Nhân dân Yên Mô có lòng yêu nước nồng nàn, đặc biệt từ khi có Đảng cộng sản Việt Nam lãnh đạo, nhân dân Yên Mô đã một lòng, một dạ đi theo Đảng làm nên những chiến công, góp phần xứng đáng vào sự nghiệp giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước.
Trung tâm Văn hóa huyện Yên Mô được đầu tư khang trang, hiện đại
Chi bộ Đảng cộng sản của Yên Mô được thành lập từ năm 1929 ở làng Côi Trì- xã Yên Mỹ do người con ưu tú- đồng chí Tạ Uyên làm Bí thư chi bộ, sau này là Bí thư xứ uỷ Nam Kỳ. Trong hai cuộc kháng chiến chống Thực dân Pháp và Đế quốc Mỹ xâm lược, dưới sự lãnh đạo của Đảng, Đảng bộ và nhân dân Yên Mô đã thể hiện ý chí kiên cường với tinh thần "thà hy sinh tất cả chứ nhất định không chịu mất nước, không chịu làm nô lệ", "không có gì quý hơn độc lập, tự do". Đã có gần 24.000 con em Yên mô đã hăng hái lên đường cầm súng chiến đấu và phục vụ chiến đấu; cã 2428 người anh dũng hy sinh, 1042 người mang tàn tật suôt đời, 76 gia đình có từ 2 liệt sỹ, 11 gia đình có 2 đời liệt sỹ.
Ghi nhận những công lao to lớn của huyện và các xã trong huyện, Đảng và Nhà nước đã tặng thưởng danh hiệu cao quý Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân cho cán bộ, nhân dân huyện Yên Mô, 11 xã, thị trấn và 50 bà mẹ Việt Nam anh hùng, 02 Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân.
Năm 2024, thu ngân sách Nhà nước trên địa bàn huyện Yên Mô đạt trên 298 tỷ đồng, vượt 41% dự toán giao. Để có được kết quả này ngay từ đầu năm, huyện đã triển khai quyết liệt, hiệu quả các giải pháp từ đấu giá giá trị quyền sử dụng đất đến tăng các nguồn thu từ thuế, phí, lệ phí và các nguồn thu khác. Các ngành, địa phương tập trung hỗ trợ, giải quyết các khó khăn, vướng mắc của doanh nghiệp, thúc đẩy sản xuất kinh doanh phát triển, nhất là các doanh nghiệp vừa và nhỏ, các doanh nghiệp trọng điểm.
Hệ thống đường giao thông đồng bộ tạo ra diện mạo mới cho toàn huyện Yên Mô ngày nay
Bên cạnh đó, các doanh nghiệp trên địa bàn huyện năng động, sáng tạo tìm kiếm thị trường, đầu tư máy móc, nâng cao hiệu quả hoạt động sản xuất, kinh doanh, tích cực đóng góp vào nguồn thu ngân sách địa phương.
Những kết quả đạt được trong công tác thu ngân sách năm 2024 là cơ sở quan trọng để huyện Yên Mô thực hiện thắng lợi các chỉ tiêu, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội năm 2025 và cả nhiệm kỳ.
Sau sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã theo Nghị quyết số 1318/NQ-UBTVQH15 của UBTVQH về việc sắp xếp đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã của tỉnh Ninh Bình giai đoạn 2023 – 2025, các xã thuộc huyện Yên Mô như sau: Nhập toàn bộ diện tích tự nhiên là 4,19 km2, quy mô dân số là 4.899 người của xã Khánh Thịnh và toàn bộ diện tích tự nhiên là 3,41 km2, quy mô dân số là 4.289 người của xã Yên Hưng vào thị trấn Yên Thịnh. Sau khi nhập, thị trấn Yên Thịnh có diện tích tự nhiên là 15,07 km2 và quy mô dân số là 20.112 người.
Thị trấn Yên Thịnh giáp các xã Khánh Dương, Khánh Thượng, Yên Hòa, Yên Mỹ, Yên Phong, Yên Thành và huyện Yên Khánh.
Nhập toàn bộ diện tích tự nhiên là 4,33 km2, quy mô dân số là 4.719 người của xã Mai Sơn vào xã Khánh Thượng. Sau khi nhập, xã Khánh Thượng có diện tích tự nhiên là 13,73 km2 và quy mô dân số là 13.359 người.
Xã Khánh Thượng giáp các xã Khánh Dương, Yên Hòa, Yên Thắng, thị trấn Yên Thịnh; huyện Yên Khánh, thành phố Hoa Lư và thành phố Tam Điệp.
Sau khi sắp xếp, huyện Yên Mô có 14 đơn vị hành chính cấp xã, gồm 13 xã và 01 thị trấn./.