Đến tháng 9 năm 1994 thực hiện Nghị định số 59- NĐ/CP ngày 04/7/1994 của Chính phủ: tách 9 xã của huyện Yên Khánh cũ về lập lại huyện Yên Khánh đồng thời đổi tên huyện Tam Điệp thành huyện Yên Mô. Huyện Yên Mô chính thức đi vào hoạt động từ ngày 02/9/1994. Hiện nay có 18 đơn vị hành chính gồm 17 xã và 01 thị trấn với tổng diện tích tự nhiên hơn 144km2 và dân số hơn 119.000 người.
Từ xa xưa, Yên Mô đã nổi tiếng là đất hiếu học, chuộng văn chương, trọng đạo lý gắn liền với tên tuổi của những danh nhân văn hoá, đất nước, tiêu biểu như: Ninh Tốn quê xã Yên Mỹ- quan Thượng thư triều Lê; Vũ Phạm Khải, Phạm Thận Duật quê xã Yên Mạc là các quan đại thần triều Nguyễn. Nhiều con em Yên Mô đã trưởng thành là cán bộ lãnh đạo các Bộ, ban ngành của Trung ương và tướng lĩnh trong lực lượng vũ trang nhân dân, nhiều người có học vị tiến sỹ, thạc sỹ, được phong tặng danh hiệu nghệ sỹ ưu tú, nhà giáo ưu tú, thầy thuốc ưu tú..
Nhân dân Yên Mô có lòng yêu nước nồng nàn, đặc biệt từ khi có Đảng cộng sản Việt Nam lãnh đạo, nhân dân Yên Mô đã một lòng, một dạ đi theo Đảng làm nên những chiến công, góp phần xứng đáng vào sự nghiệp giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước.
Chi bộ Đảng cộng sản của Yên Mô được thành lập từ năm 1929 ở làng Côi Trì- xã Yên Mỹ do người con ưu tú- đồng chí Tạ Uyên  làm Bí thư chi bộ, sau này là Bí thư xứ uỷ Nam Kỳ. Trong hai cuộc kháng chiến chống Thực dân Pháp và Đế quốc Mỹ xâm lược, dưới sự lãnh đạo của Đảng, Đảng bộ và nhân dân Yên Mô đã thể hiện ý chí kiên cường với tinh thần "thà hy sinh tất cả chứ nhất định không chịu mất nước, không chịu làm nô lệ", "không có gì quý hơn độc lập, tự do". Đã có gần 24 000 con em Yên mô đã hăng hái lên đường cầm súng chiến đấu và phục vụ chiến đấu; cã 2428 người anh dũng hy sinh, 1042 người mang tàn tật suôt đời, 76 gia đình có từ 2 liệt sỹ, 11 gia đình có 2 đời liệt sỹ.
Ghi nhận những công lao to lớn của huyện và các xã trong huyện, Đảng và Nhà nước đã tặng thưởng danh hiệu cao quý Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân cho cán bộ, nhân dân huyện Yên Mô, 11 xã, thị trấn và 50 bà mẹ Việt Nam anh hùng, 02 Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân.
15 năm qua cùng với sự phát triển của đất nước trong công cuộc đổi mới, Đảng bộ và nhân dân Yên Mô đã đoàn kết, năng động, sáng tạo, vượt qua mọi khó khăn, thử thách, nỗ lực phấn đấu thực hiện thắng lợi các mục tiêu Nghị quyết Đại hội Đảng bộ huyện lần thứ XIII, XIV, XV đề ra, giành được những kết quả quan trọng và toàn diện trên tất cả các lĩnh vực.
Một trong những thành tựu nổi bật của huyện là kết quả sản xuất nông nghiệp. Là huyện thuần nông với địa hình thuỷ thế không thuận lợi thường xuyên đe doạ úng lụt, hạn hán, mất mùa. Ngay khi được thành lập, Đảng bộ và nhân dân trong huyện đã tập trung xây dựng, củng cố và nâng cấp toàn bộ hệ thống thuỷ lợi. Đến nay đã cơ bản chủ động được tưới, tiêu phục vụ sản xuất.
Cùng với việc củng cố hệ thống thuỷ lợi, huyện tập trung chuyển dịch cơ cấu mùa vụ, cơ cấu cây trồng, ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất theo hướng tăng năng suất, sản lượng, giá trị cây trồng. Sau 15 năm, sản xuất nông nghiệp huyện nhà đã có bước phát triển toàn diện, huyện luôn đạt đỉnh cao về diện tích, năng suất, sản lượng và lương thực bình quân đầu người. Tổng sản lượng lương thực toàn huyện năm 2008 tăng gấp 1,8 lần so với năm 1995, bình quân lương thực đầu người tăng gấp 1,7 lần so với năm 1995; giá trị thu nhập trên 1 ha canh tác tăng gấp 3,2 lần so với năm 2001. Chăn nuôi đã dần trở thành nghề sản xuất chính. Giá trị chăn nuôi năm 2008 tăng 2,4 lần so với năm 1995. Giá trị sản xuất thuỷ sản năm 2008 tăng 6,1 lần so với năm 1995. Tổng giá trị sản xuất nông lâm nghiệp và thuỷ sản năm 2008 tăng gấp 5,5 lần so với năm 1995.
Sản xuất tiểu thủ công nghiệp, ngành nghề không ngừng phát triển cả về số lượng và quy mô, góp phần giải quyết việc làm cho hàng vạn lao động; cơ sở vật chất và kết cấu hạ tầng kinh tế- xã hội được tăng cường đáng kể, hệ thống đường giao thông đã cơ bản được giải nhựa và bê tông hoá; Bệnh viện đa khoa huyện và trạm Y tế các xã, thị trấn được xây dựng kiên cố, đảm bảo điều kiện khám, điều trị bệnh cho nhân dân. Các trường học được xây dựng cao tầng khang trang sạch đẹp. Tỷ lệ hộ gia đình xây dựng được nhà cao tầng, mái bằng ngày càng cao. 100% hộ dân được dùng điện, trên 90% số hộ dân đã mua sắm được phương tiện nghe nhìn, nhiều gia đình đã mua sắm được tiện nghi đắt tiền phục vụ sinh hoạt. Toàn huyện đã có 9 xã xây dựng được nhà máy nước sạch phục vụ nhu cầu sinh hoạt từng bước nâng cao chất lượng cuộc sống.
Hoạt động thương mại, dịch vụ có nhiều chuyển biến tích cực, đã tạo môi trường thuận lợi cho các doanh nghiệp vào đầu tư kinh doanh, dịch vụ. Đến nay dự án Khu trung tâm liên hợp du lịch thể thao sân golf 54 lỗ hồ Yên Thắng, khu du lịch sinh thái hồ Đồng Thái đang được tích cực triển khai xây dựng. Thu ngân sách trên địa bàn hàng năm đều tăng. Thu ngân sách nhà nước năm 2008 đạt trên 52 tỷ đồng, tăng gấp 10,5 lần so với năm 1995. Hoạt động ngân hàng và các quỹ tín dụng nhân dân có hiệu quả tạo điều kiện thuận lợi cho nhân dân vay vốn phát triển sản xuất, kinh doanh.
Có thể nói, sau 15 năm nỗ lực phấn đấu, cơ cấu kinh tế của huyện đã có sự chuyển dịch tích cực, đúng hướng; giảm tỷ trọng sản xuất nông nghiệp tăng giá trị sản xuất công nghiệp, xây dựng cơ bản và dịch vụ.
Các hoạt động văn hoá có nhiều tiến bộ. Sự nghiệp giáo dục đào tạo đã có bước phát triển toàn diện cả về quy mô, số lượng, chất lượng. Đến toàn huyện có 59 trường học và 1 Trung tâm giáo dục thường xuyên tăng 25 trường so với năm 1994. Đã hoàn thành phổ cập giáo dục, tiểu học đúng độ tuổi và phổ cập THCS, có 33 trường học đạt chuẩn Quốc gia (6 trường Mầm non, 20 trường tiểu học, 7 trường THCS); trường tiểu học Yên Thịnh đạt chuẩn Quốc gia giai đoạn II.
Công tác y tế có nhiều cố gắng. Đã có 12/18 xã được công nhận chuẩn Quốc gia về Y tế. Công tác dân số, gia đình và trẻ em được quan tâm thường xuyên. Tỷ lệ tăng dân số tự nhiên giảm mạnh từ 1,69% năm 1994 xuống còn 0,66% năm 2008. Chất lượng dân số được nâng lên, tỷ lệ trẻ em dưới 5 tuổi suy dinh dưỡng, tỷ lệ sinh con thứ 3 trở lên giảm đáng kể. 
Sự nghiệp văn hoá có nhiều tiến bộ. Phong trào "Toàn dân đoàn kết xây dựng đời sống văn hoá", xây dựng khu dân cư tiên tiến, thực hiện Quy chế dân chủ ở cơ sở; thực hiện nếp sống văn minh trong việc cưới, việc tang và lễ hội có chuyển biến tích cực. Đến nay đã có trên 80% thôn xóm, cơ quan, trường học được công nhận văn hoá; có 85% gia đình văn hoá. Phong trào tập luyện thể dục thể thao diễn ra sôi nổi. Từ trong phong trào thể dục thể thao huyện nhà đã đóng góp nhiều vận động viên cho tỉnh và cho đất nước, tiêu biểu như: Vân động viên Bùi Thị Hà- xã Yên Thành đạt huy chương Vàng môn đi bộ tại Segames 21, vận động viên Nguyễn Đình Cương- xã Yên Hoà đạt 2 huy chương Vàng môn điền kinh tại Segames 24.
Các phong trào"Đền ơn đáp nghĩa", "Xoá đói giảm nghèo" được đẩy mạnh, thực hiện có hiệu quả, góp phần nâng cao đời sống của các đối tượng chính sách, hộ nghèo. Đã xoá được hộ đói, tỷ lệ hộ nghèo được giảm nhanh từ 31% năm 1994 đến nay chỉ còn 11,02%. %. Đã triển khai và hoàn thành xây dựng 104 nhà theo đề án 02, 97 nhà theo đề án 06 của HĐND tỉnh cho gia đình chính sách, hộ nghèo. 
Công tác Quốc phòng An ninh được tăng cường, luôn hoàn thành tốt công tác quân sự, quốc phòng địa phương. An ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội được giữ vững và ổn định. 
Quán triệt quan điểm "phát triển kinh tế là nhiệm vụ trọng tâm, xây dựng Đảng là nhiệm vụ then chốt", 15 năm qua các cấp uỷ Đảng trong huyện đã tập trung lãnh đạo xây dựng hệ thống chính trị trong sạch vững mạnh. Năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của các tổ chức cơ sở Đảng không ngừng được nâng lên. Đội ngũ Đảng viên được phát triển cả về số lượng và chất lượng. 15 năm qua đã kết nạp trên 3.000 đảng viên, đến nay Đảng bộ huyện có trên 6.000 đảng viên sinh hoạt ở 63 tổ chức cơ sở đảng.
Chính quyền huyện đến cơ sở luôn được củng cố, tổ chức hoạt động có hiệu lực, hiệu quả, hoàn thành tốt chức năng quản lý nhà nước, quản lý xã hội, gìn giữ kỷ cương, pháp luật, thực hiện thắng lợi các nhiệm vụ kinh tế- xã hội.
Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể có nhiều đổi mới về phương thức hoạt động, chất lượng hoạt động ngày càng được nâng lên, góp phần thực hiện thắng lợi các nhiệm vụ chính trị của địa phương.
Với những thành tích xuất sắc trong 15 năm qua, quân và dân huyện nhà đã vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng 02 Huân chương lao động hạng Nhì, 32 Huân chương lao động hạng Ba; được Chính phủ tặng 02 Cờ thi đua, 43 Bằng khen; các Bộ, ngành Trung ương tặng 07 cờ thi đua và 337 bằng khen; được UBND tỉnh tặng 58 cờ thi đua và 1.046 bằng khăn. Năm 2009 cán bộ và nhân dân huyện Yên Mô vinh dự được Chủ tịch nước trao tặng phần thưởng cao quý: Huân chương lao động hạng Nhất- đây là niềm vinh dự lớn của Đảng bộ, quân và dân toàn huyện.