Thời Hồng Bàng nằm trong bộ Giao Chỉ, sau thuộc phủ Trường Yên.
Từ thời nhà Trần (1225-1400) về trước có tên gọi là Yên Ninh.
Từ đời Lê Trung Hưng (1593) sau đổi là huyện Yên Khang.
Thời nhà Nguyễn năm Gia Long thứ 2 (1803) đổi tên là huyện Yên Khánh, thuộc phủ Trường Yên.
Năm Minh Mệnh thứ 2 (1821) đổi thành phủ Yên Khánh.
Năm Minh Mệnh thứ 10 (1829), huyện Yên Khánh thuộc đạo Ninh Bình, sau đó đổi tên thành trấn Ninh Bình, rồi thành tỉnh Ninh Bình như ngày nay.
Sau năm 1945, bỏ cấp phủ, gọi chung là huyện. Huyện Yên Khánh khi đó gồm có 19 xã: Khánh An, Khánh Cư, Khánh Cường, Khánh Dương, Khánh Hải, Khánh Hòa, Khánh Hội, Khánh Lợi, Khánh Mậu, Khánh Nhạc, Khánh Ninh, Khánh Phú, Khánh Thành, Khánh Thịnh, Khánh Thượng, Khánh Thủy, Khánh Tiên, Khánh Trung, Khánh Vân.
Tháng 1 năm 1965, xã Yên Lạc của huyện Yên Mô được sáp nhập vào huyện Yên Khánh và đổi tên thành xã Khánh Hồng; 3 xã: Khánh Dương, Khánh Thịnh, Khánh Thượng được sáp nhập vào huyện Yên Mô. Từ đó, huyện Yên Khánh có 17 xã: Khánh An, Khánh Cư, Khánh Cường, Khánh Hải, Khánh Hòa, Khánh Hội, Khánh Hồng, Khánh Lợi, Khánh Mậu, Khánh Nhạc, Khánh Ninh, Khánh Phú, Khánh Thành, Khánh Thủy, Khánh Tiên, Khánh Trung, Khánh Vân.
Ngày 18 tháng 12 năm 1976, chia xã Khánh Trung thành 2 xã lấy tên là xã Khánh Trung và Khánh Công; chia xã Khánh Thủy thành 2 xã lấy tên là xã Khánh Thủy và Khánh Thiện.
Ngày 27 tháng 04 năm 1977, Hội đồng chính phủ ra quyết định 125/CP, theo đó:
- Giải thể huyện Yên Khánh, cắt 10 xã phía bắc sông Khang Thượng (Khánh Hòa, Khánh Phú, Khánh An, Khánh Cư, Khánh Vân, Khánh Ninh, Khánh Hải, Khánh Lợi, Khánh Tiên, Khánh Thiện) sáp nhập với huyên Yên Mô và thị trấn Tam Điệp thành lập huyện Tam Điệp
- Cắt 9 xã phía nam sông Khang Thượng (Khánh Hồng, Khánh Nhạc, Khánh Hội, Khánh Mậu, Khánh Thủy, Khánh Cường, Khánh Trung, Khánh Công, Khánh Thành) sáp nhập vào huyện Kim Sơn.
Ngày 04 tháng 07 năm 1994, Chính phủ ra quyết định số 59-CP.[3] Huyện Yên Khánh gồm 19 xã: Khánh An, Khánh Công, Khánh Cư, Khánh Cường, Khánh Hải, Khánh Hòa, Khánh Hội, Khánh Hồng, Khánh Lợi, Khánh Mậu, Khánh Nhạc, Khánh Ninh, Khánh Phú, Khánh Thành, Khánh Thiện, Khánh Thủy, Khánh Tiên, Khánh Trung, Khánh Vân.
Ngày 02 tháng 11 năm 1996, Chính phủ ra Nghị định 69-CP thành lập thị trấn Yên Ninh, thị trấn huyện lỵ của huyện Yên Khánh trên cơ sở: 247,41 ha diện tích tự nhiên và 5.419 nhân khẩu của xã Khánh Ninh; 7,27 ha diện tích tự nhiên và 213 nhân khẩu của xã Khánh Vân; 3,63 ha diện tích tự nhiên của xã Khánh Hải; 9,81 ha diện tích tự nhiên và 164 nhân khẩu của xã Khánh Nhạc.
Ngày 03 tháng 06 năm 2009, Chính phủ ra Nghị quyết 23-NQ-CP điều chỉnh địa giới để mở rộng thị trấn Yên Ninh thuộc huyện Yên Khánh. Theo đó, hợp nhất toàn bộ diện tích tự nhiên 533,86 ha và dân số 7.435 nhân khẩu của xã Khánh Ninh vào thị trấn Yên Ninh.
Hiện nay, huyện Yên Khánh có 18 xã và 1 thị trấn; diện tích tự nhiên: 137,8 km², trong đó 9.770 ha đất nông nghiệp, 2.471 ha đất chuyên dùng, 7.851 ha đất hai lúa; dân số xấp xỉ 142.565 người, mật độ xấp xỉ 1.050 người/km².
Cổng TTĐT tỉnh